Operasi Pasaraya Pak Aji terbahagi kepada dua bahagian iaitu bahagian Pasar Mini dan Pasar Segar. Bahagian Pasar Mini mempunyai tiga unit, iaitu unit seksyen yang merangkumi pengurusan barangan, peragaan dan sebagainya, unit kaunter bayaran bagi menguruskan penjualan dengan pengguna, serta unit stor bagi penyimpanan stok.
Kaunter timbang
Kaunter bayaran
Manakala di bahagian Pasar Segar, operasi dikhususkan kepada unit kaunter timbang untuk menjalankan aktiviti pemberian harga bagi barangan timbang khususnya barangan segar, unit pasar borong yang lebih kepada pembelian barangan di pasar borong, serta unit jualan yang membantu dalam bahagian am.